- Sector habilitado al turismo, denominado Galerías Bajas o Galerías Turísticas, que corresponde al tercio más meridional de la cueva.
- Resto de la cavidad, que abarca las Galerías Altas y las Galerías Nuevas, que constituye los dos tercios más internos de la cueva.
Las Galerías Bajas o Turísticas están formadas por una sucesión de salas y divertículos, separados por edificios de espeleotemas. Desde la entrada se suceden:
- Sala del Vestíbulo, donde existe un importante yacimiento arqueológico que se extiende a las cercanas Sala de la Mina y de La Torca.
- Sala del Belén, en cuyo fondo existe una cornisa con gran profusión de coladas, columnas, estalagmitas y estalactitas, así como la continuación del depósito arqueológico y los primeros restos de pinturas rupestres.
- Sala de la Cascada o Ballet, en la que destacan una serie de gours estalagmíticos en forma de cascada, una columna situada en el centro de más de 15 metros de altura y unas cornisas de las que penden diferentes coladas. El techo está ornamentado con múltiples estalactitas, algunas de ellas de grandes dimensiones. Los vestigios arqueológicos corresponden a restos de inhumaciones, multitud de elementos dispersos, conjuntos de pinturas rupestres y sedimentos detríticos que albergan materiales prehistóricos.
- Sala de los Fantasmas, con un estrangulamiento ocasionado por la existencia de un caos de bloques, sobre los que se ha formado un edificio estalagmítico, denominado El Castillo. En el tránsito con la sala siguiente se ubica la formación de Los Órganos, formada por banderas parietales paralelas de grandes dimensiones, decoradas con diversos motivos de arte rupestre, así como algunos fragmentos de vasos cerámicos.
- Sala del Cataclismo, de grandes dimensiones, en la que destaca la gran columna central con 32 metros de altura y un volumen de casi 3.000 m3, que descansa sobre grandes bloques y fragmentos caídos de otras formaciones anteriores. Existen estalagmitas modernas que crecen verticalmente sobre los bloques inclinados. Bastantes superficies conservan paneles de pinturas parietales.
Las denominadas Galerías Altas y Nuevas muestran un trazado laberíntico y constituyen una sucesión de grandes salas, separadas por pequeñas porciones del macizo rocoso, caos de bloques o grandes volúmenes de reconstrucciones litoquímicas. Además de las pequeñas salas y galerías de tránsito entre las Galerías Turísticas y las Galerías Altas, la mayoría con excelentes muestras de arte rupestre paleolítico, se suceden cuatro grandes salas:
- Sala de las Columnas de Hércules, adyacente a la del Cataclismo, conocida por las sociedades pleistocenas, como muestra la existencia de pinturas rupestres.
- Sala de la Inmensidad, de grandes dimensiones; en su parte inferior se encuentra la Galería de los Niveles que debe su nombre a la existencia de cristalizaciones epiacuáticas horizontales, "niveles" que marcan las oscilaciones pasadas del nivel del agua en el interior de la cavidad.
- Sala de la Lanza, en la que destaca la gran estalactita caída del techo y clavada en el suelo, así como una impresionante columna y la presencia de extensiones importantes de arenas dolomíticas.
- Sala de la Montaña, la de mayores dimensiones de la cueva, con un gran caos de bloques en su zona central.
La Cueva de Nerja cuenta con una magnífica representación de arte rupestre, destacando la presencia de éste con mayor profusión en la parte inicial de la gruta, en las salas conocidas como Belén, Cascada, Fantasma, Cataclismo y el llamado Camarín de los Órganos, aunque con una importante presencia en las Galerías Altas, en concreto, sobre las Columnas de Hércules y el Laberinto.
En el conjunto rupestre figurativo hay que distinguir entre las representaciones pertenecientes al Pleistoceno y las realizadas por las sociedades prehistóricas de inicio del Holoceno. Las obras pleistocenas coinciden con dos fases industriales del Paleolítico Superior, con una extensa ocupación del Solutrense y un conjunto monotemático magdaleniense.
Las aportaciones de las sociedades y comunidades holocenas poseen una acusada diversidad tecno-estilística que se pueden agrupar en diferentes horizontes plásticos como un panel de Pintura Esquemática Típica, una serie de grabados esquemáticos, un conjunto de Pintura Esquemática Negra Subterránea y un complejo de "cazoletas".
El "santuario" solutrense contiene un amplio registro gráfico, la mayor parte signos, aunque también se documentan animales, donde se representan équidos, cérvidos, cápridos y una serie de cuadrúpedos indeterminados. Los signos comprenden diseños rectilíneos, curvilíneos, cruciformes, cuadrangulares, circulares, puntuaciones, y un acusado fenómeno consistente en la aplicación de trazos y manchas informes sobre espeleotemas. La composición magdaleniense cuenta con una producción homogénea llena de simbolismo, originalidad temática y su adecuación al soporte, conservándose en las Galerías Altas un cubículo con seis figuras ictiomorfas distribuidas entre tres paneles.
En cuanto a las manifestaciones rupestres adscritas a episodios de la Prehistoria Reciente, se observa un friso de Pintura Esquemática Típica realizado en rojo, que representa dos clásicos esquemas antropomorfos localizados en la Sala de la Torca. En cambio, en las Salas del Cataclismo y de la Cocina, se han inventariado grabados que perfilan la esquematización de ídolos bitriangulares. Asimismo, existe un conjunto de vestigios encuadrables en el denominado Arte Esquemático Negro Subterráneo, que se basa fundamentalmente en línea y trazos entrecruzados. Por último, también adscrito a este período, aparecen una serie de "cazoletas" esparcidas por varios lugares de la cueva, realizadas mediante la técnica del piqueteado, tratándose normalmente de erosiones circulares.
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